La un an după Revoluţie, în decembrie 1990, cu binecuvântarea Înaltpreasfinţitului Lucian Florea, Arhiepiscopul Tomisului, doi călugări cu metania din Mănăstirea Neamţ, ieromonahul Victor Ghindăoanu şi monahul Nicodim Dincă (fiu al Dobrogei din Zorile, com. Adamclisi), au reînviat viaţa monahală în acest loc unde Sfântul Andrei a poposit, împreună cu ucenicii săi, a propovăduit Evanghelia Mântuitorului nostru Iisus Hristos, a hirotonit şi a pus preoţi şi diaconi pe aceste meleaguri dobrogene. Oficial, Permanenţa consiliului eparhial Tomis a hotărât înfiinţarea Schitului Peştera Sfântului Apostol Andrei, din Pădurea Eminescu, loc. Ion Corvin, jud. Constanţa, pe data de 18 decembrie 1990. Micul schit şi cei doi călugări erau subordonaţi administrativ Mănăstirii Dervent.
În primăvara anului 1991, sub supravegherea monahul Nicodim Dincă, încep construcţiile primelor chilii, a bucătăriei şi trapezei. Lucrările au mers atât de repede, încât, până la venirea iernii din acelaşi an, obştea monahală, care devenea din ce în ce mai mare, s-a mutat în noile chilii. În anul 1992 au fost finalizate trapeza şi bucătăria. La începutul anului 1993 au început lucrările de amenajare a Peşterii Sfântului Andrei, iar în toamna aceluiaşi an a fost pusă piatra de temelie a paraclisului. Ţinând cont de acestea Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, la cererea Arhiepiscopiei Tomisului, pe 14 iulie 1994 „aprobă transformarea Schitului Peştera Sfântului Andrei, jud. Constanţa, în mănăstire cu destinaţie pentru călugări, urmând a se organiza şi funcţiona potrivit Regulamentului pentru organizarea vieţii monahale”.
Pe 17 octombrie 1993 s-a pus piatra de temelie a paraclisului „Acoperământul Maicii Domnului”. Bisericuţa, construită din beton armat şi cărămidă, în formă de cruce şi acoperită cu tablă zincată, împodobită cu pictură murală în tehnică fresco, a fost sfinţită pe 28 septembrie 1995, de Înaltpreasfinţitul Lucian Florea, Arhiepiscopul Tomisului. Înaltpreasfinţia sa a rostit cu această ocazie un cuvânt de învăţătură către obşte: „Prin noi se scrie istoria acestui aşezământ. Avem Peştera Sfântul Apostol Andrei, iar acum avem şi acest paraclis… şi nu în ultimul rând temelia bissericii mari, aşezată în centrul acestui aşezământ monahal… Să daţi dovadă de buni credincioşi, de buni vieţuitori, ţinând candela aprinsă aici pe pământul dobrogean sfinţit de Sfântul Apostol Andrei”.
Piatra de temelie a bisericii mari a fost pusă în anul 1994. Construcţia bisericii a fost finalizată în anul 2000, sub stăreţia părintelui protosinghel Neofit Oană. Lucrările de pictură au fost executate între anii 2003 şi 2006 de pictorii Sergiu Ivas şi Valeriu Timofti, sub păstorirea părintelui stareţ arhim, Cosma Mitu.
Egumenii şi stareţii care au condus această mănăstire au fost: Nicodim Dincă, Sava Gana, Neofit Oană, Ioachim Nicolae, iar din anul 2004, stareţul mănăstirii este Arhim. Cosma Mitu.
